Förderbeginn 01.07.2008

Vergröberte physikalische Modellierung von Hydrophobizität und Elektrostatik in biomolekularen Systemen

Dr. Joachim Dzubiella
Technische Universität München
Lehrstuhl für Physik T37 - Theoretische Physik

Prof. Dr. J. Andrew McCammon
University of California, San Diego
Department of Biochemistry



In diesem Projekt wird ein vergröberte (implizite) Modellierung von Wasser und Salz in biomolekularen Systemen mit Fokus auf hydrophobe und elektrostatische Wechselwirkungen angestrebt. Ein von den Projektleitern erst kürzlich veröffentlichtes Solvationsmodell [Phys. Rev. Lett. 96, 087802 (2006)] wird weiter getestet und verfeinert. Ein wichtiger Punkt ist hier die Verbesserung der 'mean-field' Poisson-Boltzmann Gleichung durch explizite Berücksichtigung inter-ionischer und Wasser-induzierter Korrelationen. Letztendliches Ziel ist die Implementation dieser Ergebnisse in verfügbare Software, um Bindungsaffinitäten von biomolekularen Einheiten in sogenannten 'Docking' und 'Recognition'-Prozessen effizient und genau vorherzusagen.